En 1178, Louis VII (1137-1180) signe un acte à Vincennes, puis Philippe Auguste en fait autant en octobre 1197 et deux fois en novembre 1198, tandis que deux grands personnages proches du roi font de même en novembre 1198 puis en janvier 1200, sans doute en présence du roi.
Ces cinq actes royaux sont la preuve qu'il existe alors une résidence royale en ce lieu.

Un autre élément confirme peut-être l'importance croissante de Vincennes pendant les deux premières décennies du règne de Philippe-Auguste : la création d'une maladrerie. Il est classique de rencontrer, auprès des résidences royales de l'époque de Louis VII et de Philippe Auguste, des établissements religieux, en particulier charitables, tels que des maisons-Dieu, des maladreries, des prieurés grandmontains ou autres... L'apparition, sans doute peu avant 1195, d'une léproserie sur la voie qui conduit de Paris à Lagny, à quelques centaines de mètres au nord-est du manoir et en lisière du Bois clos, est donc un élément notable.
Dans la création d'une résidence royale à Vincennes vers la fin du règne de Louis VII, plusieurs phénomènes ont eu leur part : le rôle accru de Paris sous ce règne et surtout sous celui de Philippe Auguste ; la fin, peu après le milieu du XIIe siècle, des conflits tout près et à l'est de Vincennes, essentiellement dans la vallée de la Marne, entre les Capétiens d'une part, les comtes de Champagne et de Dammartin-en-Goële et la famille de Montlhéry-Rochefort de l'autre.
Par ailleurs, deux éléments étaient très favorables au choix de Vincennes pour y implanter une résidence royale : la proximité de l'ancienne voie romaine conduisant de Paris à Sens par le pont de Charenton et celle du réseau fluvial, puisqu'à Conflans, au confluent de la Marne et de la Seine, existe un port important. Il est essentiel, pour des souverains dont les déplacements sont incessants et afin de faciliter les approvisionnements indispensables pour la vie d'une résidence royale de cette époque, de disposer tout près de ces deux possibilités.

L'on manque d'éléments pour reconstituer ce qu'a pu être la résidence capétienne de la fin du XIIe et de la première moitié du XIIIe siècle. Lors de la fouille conduite entre 1992 et 1996 à l'emplacement du manoir royal, il a été mis au jour des éléments architecturaux remontant au début du XIIIe siècle, ce qui confirme l'existence d'une résidence royale dès cette époque. Un mur qui forme la clôture du manoir au nord et divers éléments architecturaux, dont une salle basse et une cave, datent de cette époque. Ces éléments sont trop réduits pour que l'on puisse en tirer des conclusions précises sur ce qu'est alors cette résidence, sinon qu'elle est constituée de plusieurs bâtiments disposés au niveau du sol et non sur un terrassement artificiel.
Ce que l'on sait des lieux de résidence des derniers souverains carolingiens et des cinq premiers capétiens permet d'imaginer ce que peut être Vincennes en ce temps-là. Les premiers Capétiens, jusqu'à Louis VII, possèdent et fréquentent d'anciennes résidences carolingiennes urbaines, par exemple à Compiègne, Orléans et Senlis, quelques rares anciens palais ruraux carolingiens et des résidences qui leur appartiennent anciennement en propre, comme Melun, Étampes, Poissy ou Vitry-aux-Loges. Le vocabulaire qui désigne ces trois types de résidences dans les actes des six premiers Capétiens, d'Hugues Capet à Louis VII, montre que ces lieux sont fortifiés très tôt. À ces trois groupes s'ajoutent pendant les règnes de Philippe 1er, Louis VI et Louis VII des châteaux conquis ou acquis lors des luttes conduites contre les petits ou les grands féodaux de l’Île-de-france, comme la Ferté-Alais, Corbeil ou Montlhéry, ou qu'ils fondent dans leur domaine, comme Lorris.
À côté de ces résidences toutes fortifiées, un autre type de lieu de séjours royaux apparaît sous Louis VI et Louis VII : ce sont des résidences «secondaires» distribuées le plus souvent autour de vieilles villes antiques, comme Orléans, Paris, Sens, Bourges, Senlis. Certaines de ces nouvelles résidences, ordinairement qualifiées de domus, «maison», dans les textes des XIIe-XIIIe siècles, seront ensuite abandonnées ; d'autres au contraire, comme Fontainebleau, se développeront dès le cours du XIIIe siècle. Nous connaissons mal leur nature architecturale, mais l'utilisation du terme de «maison» pour les désigner implique des bâtiments peu ou pas fortifiés. Aussi bien du point de vue historique qu'archéologique, Vincennes appartient à ce type de résidences royales «rurales» et secondaires.

 

Louis VIII (1223-1226) quant à lui séjourna à Vincennes à deux reprises au moins en 1225 puis une fois en mars 1226. Mais il n'en reste pas moins que ce lieu semble n'être toujours sous ce règne qu'un lieu de séjour de second ordre.